El Hospital Virgen de las Nieves de Granada ha recibido varios certificados AENOR para diferentes sistemas de gestión implantados en sus servicios asistenciales, no asistenciales y transversales. En el área transversal, destaca la certificación del Sistema de Gestión de la Responsabilidad Social, ya que es el primer centro sanitario público español en contar con un sistema de gestión socialmente responsable verificado por una entidad externa independiente. En el área de la Seguridad y Salud en el Trabajo, es el primer primer centro hospitalario público de Andalucía con la certificación ISO 45001 y Modelo de Empresa Saludable.
Las políticas de gestión del medio ambiente, eficiencia energética y gestión de recursos naturales forman parte de las líneas estratégicas de este hospital, por lo que cuenta y revalida el certificado con el Reglamento EMAS. Por otra parte, la cocina del Hospital Virgen de las Nieves cuenta el certificado de Sistema de Gestión de Inocuidad Anlimentaria según la Norma ISO 22000. Asimismo, el hospital acoge la sede de la Central Provincial de Compras de Granada, cuya dirección centraliza la contratación administrativa, las compras, la logística, y la gestión presupuestaria de toda la provincia. Este trabajo tiene su reconocimiento con los certificados ISO 9001 de Sistema de Gestión de la Calidad y UNE 15896 de Sistema de Gestión de Compras.
Por último, también cuenta con el certificado de Sistema Calidad de los Servicios TI según la Norma ISO/IEC 20000-1.