Ha logrado los certificados AENOR de Sistema de Gestión de la Calidad según la Norma ISO 9001 y de Sistema de Gestión para las Organizaciones Educativas de acuerdo con la Norma ISO 21001. La Escuela Nacional de Control del Perú es una entidad encargada de supervisar que los recursos públicos sean empleados de acuerdo con las leyes del país.

La obtención del certificado ISO 9001 es una apuesta de la Escuela Nacional de Control del Perú por la mejora continua en la gestión de sus procesos y servicios para lograr una mayor satisfacción de los usuarios conforme a unos criterios de calidad, eficiencia y seguridad. Esta certificación aplica tanto a procedimientos de trabajo, recursos humanos y materiales, como al cumplimiento de las exigencias establecidas.

Por su parte, el certificado ISO 21001 incluye aspectos relativos a Responsabilidad Social Corporativa, accesibilidad y equidad en el desarrollo de los procesos de formación y aprendizaje, conducta ética o enfoque hacia la mejora continua.